В настоящее время традиция создания домовых церквей, особенно при учреждениях, возобновлена.
Например, 22 ноября 1990 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил возвращенный Русской Православной Церкви храм святого благоверного царевича Димитрия при Первой градской больнице Москвы. 25 января 1991 г. в здании бывшего домового храма МГУ Святейший Патриарх отслужил молебен с акафистом св. мученице Татиане – это событие положило начало возвращению храма Церкви, состоявшемуся 22 января 1995 г.
Действующий в России с 1997 г. закон «О свободе совести и о религиозных объединениях» предполагает возможность устроения домовых храмов: в ст. 16 указывается, что религиозные организации вправе проводить обряды в лечебно-профилактических учреждениях, в местах лишения свободы и т.д. в помещениях, специально выделяемых администрацией для этих целей. Относительно воинских частей в той же статье сказано, что командование (с учетом требований воинских уставов) не препятствует участию военнослужащих в богослужениях.
В «Основах социальной концепции Русской Православной Церкви», отмечены направления деятельности Церкви в лечебных заведениях, учреждениях системы исполнения наказаний, особенности пастырского служения в войсках (Основы социальной концепции Русской Православной Церкви: VIII.4, IX.3, XI.2).
Число домовых храмов в России продолжает расти, однако отдельные статистические данные, относящиеся к разным храмам и разному времени, свести воедино довольно затруднительно. Тем не менее, ряд фактов о домовых храмах можно привести.
В российской системе исполнения наказаний уже к концу 2010 г. насчитывалось около 500 храмов и 700 молитвенных комнат (т. е. практически в каждом пенитенциарном учреждении имеется хотя бы молитвенная комната).
Общее число храмов при вузах достигло 70, что соответствует абсолютному дореволюционному показателю, но не относительному, т.к. количество вузов увеличилось с тех пор многократно.
Больничных храмов в Москве в 2021 г. насчитывалось порядка 110 (в дореволюционном Петрограде было 70, правда, больниц стало значительно больше, чем до революции).
На сегодняшний день домовые храмы имеются во всех силовых министерствах: Министерство внутренних дел, Министерство обороны, Федеральная служба безопасности и др., а также многие относящиеся к ним учебные заведения и ведомственные структуры.
Домовый храм есть и в Генеральной прокуратуре.
Созданы домовые храмы в Счетной палате (в отдельном холле, где обустроен алтарь), на 15-м этаже гостиницы «Университетская», на кровле здания театра «Школа драматического искусства», в подвале МИФИ, в Звездном городке, на космодроме Байконур, в здании телецентра Останкино.
С точки зрения канонического статуса, домовая церковь может быть или приписана к одному их ближайших приходских храмов или представлять собой самостоятельный приход. В последнем случае, однако, храму часто усваивается иной статус, отличный от статуса обычного прихода: например, в Москве подобные храмы могут иметь статус Патриарших подворий, что позволяет не образовывать в этих приходах таких органов управления, как приходское собрание и приходской совет.